Secret Story es un reality show centrado en un grupo de concursantes, cada uno de ellos con su propio y dramático secreto, que viven juntos en una gran casa aislada del mundo exterior. Todos sus movimientos son grabados por las cámaras, y su misión es mantener su secreto oculto a los demás compañeros de casa.
Cada concursante entra en la casa con un bote de dinero. Se lo quedarán si ninguno de los demás compañeros adivina su secreto, pero ocultarse no es fácil, ya que todos y cada uno de los concursantes conspiran para desvelar las verdades desconocidas de los demás. La casa en sí está llena de misterio y repleta de habitaciones no reveladas y sorpresas. Las pistas están esparcidas por todas partes y depende de los jugadores utilizar su intuición para descubrir el secreto de cada uno.
Ocultar su engaño a los demás concursantes es sólo la mitad del reto. Para ganar Historia Secreta también deben evitar la votación semanal del público y la expulsión de la casa.
A medida que crecen las tensiones y las pasiones, los concursantes descubren que su secreto y su civismo son más difíciles de mantener. Tras semanas de deliberación y suspense, el concursante que ha sobrevivido a la votación pública de cada semana es coronado ganador.